Recientemente un cliente me reportó que cada vez que colocaba archivos en alguna carpeta o sub carpeta el mismo «desaparecía» (por alguna extraña razón el archivo se movía a la carpeta raíz), decido hacer la prueba por mi cuenta y en efecto, una vez que el archivo de prueba era colocado en una sub carpeta y verificado que se había sincronizado correctamente, el mismo era movido misteriosamente a la carpeta raíz.
Así que me dediqué a buscar en el ULS alguna irregularidad y encontré que existía un llamado a la ejecución de una instrucción MoveFile con el archivo a la raíz de la biblioteca, sin embargo, el llamado no era del usuario que estaba cargando el archivo sino otro. Luego de investigar un rato encontré que por alguna razón se había dañado el almacén local de OneDrive for Business de ese usuario, por lo que fue necesario borrar el caché y reestablecer el almacén.

La situación se repitió con un par de usuarios más y nuevvamente la solución fue la misma reiniciar el OneDrive for Business borrando el caché utilizando bien la herramienta o manualmente.

Espero que les sea de utilidad.